En esta nueva entrega de Wario tendrás que resolver nuevos y desafiantes retos para que pueda retornar sin problema a su hogar. Wario viajaba en su avión privado cuando de repente escucha unos sonidos extraños en el motor, así que decide realizar un aterrizaje de emergencia. Se refugia en una cueva y dentro de ella se encuentra con una caja mágica de música que lo lleva a un mundo totalmente raro. Habla con el gobernante del mundo extraño y le encomienda una serie de tareas para poder salir de allí con éxito. Tendrá que encontrar lo más rápido posible cinco cajas pequeñas de música para retomar su libertad y volver a casa.
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