La jugabilidad de Mario Wario (Japon) se centra en guiar a Mario, quien tiene varios objetos encima de su cabeza por su enemigo Wario, a través de una serie de niveles que constan en varios obstáculos y trampas. Debido a que Mario se ha vuelto ciego y siempre está en peligro de chocar contra los peligros, el jugador maneja al hada Wanda, que puede proteger a Mario moviendo el entorno que lo rodea a medida que se camina hacia el final de los niveles. El juego ofrece un total de 100 niveles y ofrece tres personajes de la leyenda de mario bros.
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